Generalnie główny system plików powinien być mały - zawiera krytyczne dane, a mały, rzadko zmieniany system ma większe szanse przetrwania. Zniszczenie tego systemu plików najczęściej oznacza, że systemu nie można uruchomić - trzeba posłużyć się dyskietką lub innym dodatkowym medium.

Główny katalog nie powinien zawierać żadnych plików, oprócz jądra (chociaż powinno się je umieszczać w /boot). Wszelkie inne pliki powinny znajdować się w odpowiednich katalogach:

/bin

Polecenia potrzebne do uruchomienia systemu, pracy w trybie jednego użytkownika.

/sbin

Podobnie jak /bin, przy czym polecenia te nie są przeznaczone dla zwykłych użytkowników.

/etc

Pliki konfiguracyjne specyficzne dla danego komputera.

/root

Katalog domowy użytkownika root.

/lib

Biblioteki dzielone wymagane przez programy znajdujące się na głównym systemie plików.

/lib/modules

Ładowalne modułu jądra, te wymagane do startu systemu i pracy po padzie systemu (sterowniki sieciowe, itd).

/dev

Pliki urządzeń.

/tmp

Pliki tymczasowe. Programy działające po starcie systemu powinny używać katalog /var/tmp, nie /tmp, ponieważ zapewne jest na nim więcej miejsca.

/boot

Pliki używane przez program bootujący (np. LILO). Często zawiera obraz jądra. Powinien znajdować się poniżej 1024 cylindra dysku IDE.

/mnt

Punkt tymczasowego montowania systemu plików. Nie powinno się montować żadnego systemu plików automatycznie w tym katalogu. /mnt może zawierać podkatalogi (np.: /mnt/dosa może oznaczać dyskietkę DOS-a, /mnt/exta dyskietkę z systemem plików ext2).

/proc, /usr, /var, /home

Punkty montowań innych systemów plików.