Akt włączania komputera i ładowania systemu operacyjnego (w pierwszych komputerach nie wystarczyło włączyć urządzenia, trzeba było ręcznie załadować system operacyjny) nazywany jest bootowaniem (ładowaniem).

Na początku komputer wykonuje program ładujący, którego zadaniem jest załadowanie i uruchomienie systemu operacyjnego. Kod ten zazwyczaj znajduje się w ściśle określonym miejscu i jest stosunkowo mały (kilkaset bajtów).

Różne komputery mają różne procedury startowania. PeCet (jego BIOS) odczytuje pierwszy sektor (zwany sektorem ładującym) dyskietki, lub dysku. Program ładujący znajdujący się w tymże sektorze ładuje system operacyjny z innej części dysku (lub z innego urządzenia).

Po załadowaniu Linuxa następuje inicjalizacja sprzętu i odpowiednich sterowników, po czym uruchomiony zostaje init. init uruchamia inne procesy, te z kolei umożliwiają zalogowanie się użytkowników i wiele innych rzeczy. Szczegóły zostaną omówione poniżej.

W celu wyłączenia systemu Linux należy wszystkim procesom powiedzieć, że mają się zakończyć (zamknąć wszystkie pliki i zrobić inne niezbędne rzeczy), następuje odmontowanie systemu plików i obszarów wymiany, po czym następuje wyświetlenie informacji o możliwości wyłączenia komputera. Jeżeli prawidłowa procedura nie jest przestrzegana dyski mogą nie zostać zaktualizowane (dane zostają stracone, możliwość uszkodzenia systemu plików).